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La Loi sur la prévoyance professionnelle contient à ses articles 80 à 84 et 98 des dispositions établissant les principes du traitement fiscal de la prévoyance.
Dans la mesure où leurs revenus et leurs éléments de fortune sont exclusivement affectés à des fins de prévoyance professionnelle, les institutions de prévoyance sont exonérées des impôts directs de la Confédération et des cantons et communes ainsi que des impôts sur les successions et les donations (art. 80 al. 1 LPP).
Les avantages fiscaux sont toutefois subordonnés au respect par l’institution de prévoyance des cinq principes suivants: la collectivité, l’égalité de traitement, l’adéquation, la planification et le principe d'assurance.
Les contributions des employeurs (dans le cadre d’une société de personnes) sont considérées comme des charges d’exploitation et sont donc entièrement déductibles.
Les cotisations des salariés et des indépendants versés à des institutions de prévoyance sont déductibles du revenu brut.
A l’entière déductibilité des cotisations versées correspond la pleine imposition des prestations de prévoyance, sous réserve de l’application de dispositions transitoires. Une exception se justifie en effet en faveur personnes assurées qui n’ont pas pu bénéficier des déductions des cotisations justifiant ainsi une imposition réduite à 60% ou 80% de leurs prestations.
Les rentes sont imposées au niveau fédéral et cantonal à 100% avec les autres éléments du revenu du contribuable.
Le versement sous forme de capital, est imposé de manière séparée des autres revenus à un taux réduit. Au niveau fédéral ce taux correspond au cinquième du barème ordinaire, alors qu’au niveau cantonal différentes solutions ont été adoptées, telles qu'un tarif spécial ou «taux de la rente».
De tels versements sont imposés à titre de prestation en capital provenant de la prévoyance professionnelle: imposition séparée des autres éléments du revenu à un taux réduit.
En cas de remboursement du versement anticipé, le montant des impôts payés est restitué, toutefois sans les intérêts.
Les cotisations versées en vue d'un rachat sont déductibles fiscalement dans les limites fixées par le fisc.
Lorsque le bénéficiaire de prestations du deuxième pilier est domicilié à l’étranger, il est procédé à une imposition à la source, sous réserve des conventions internationales contraires en matière de double imposition qui peuvent prévoir une exonération (pour les rentes) ou un remboursement (pour le versement d’un capital) de l’impôt.